نخستین امیر ایرانی که در نیشابور پس از اسلام تخت نهاد،  ابومسلم مروزی،  سپاهبد جوانمرد ایرانی،  بود که با کمک سپاه خراسان،  بنی‌امیه را پس از یک سده ستم،  در سال، . 131 ه.ق درهم کوبید.

طاهریان از سال 206 هـ . ق  در خراسان آزادی خود را از بغداد آشکار نمودند و در سال 207 هـ‌ .ق. با حذف نام مأمون در خطبه‌های نماز استقلال خود را اعلام و نیشابور را پایتخت خود قرار دادند.

نیشابور به دلایل مذهبی (گرامی بودن چهار آخشیج خاک،  باد، آب و آتش در نزد ایرانیان که در نیشابور به وجه مطلوبی بود)،  طبیعی (روانی آب از کوه بینالود به سوی آن و وجود دشتهای وسیع کشاورزی) و دلایل سیاسی (خراسان در زمان باستان بزرگترین بخش ایران و نیشابور مرکز آن بوده است) از دوران باستان دارای عظمت و شکوه بوده است و لذا انتخاب آن به عنوان پایتخت موجه می‌نمود. در سال 259 هـ . ق. یعقوب لیث صفار، بازمانده طاهریان را در نیشابور شکست داد و مدتی در نیشابور ماند.

در زمان سامانیان و سلجوقیان نیز،  نیشابور از اهمیت خاصی برخوردار بود و گه گاه به عنوان پایتخت انتخاب می شد. در قرن ششم نیز در زمان خوارزمشاهیان،  مردم نیشابور در مقابل مغولان ایستادند و جنگیدند (جنیدی،  نیشابور پایتخت ایالتی) .

پس از نیشابور،  یکی دیگر از پایتختهای مستقل و مردمی،  شهر زرنگ بوده است که در سیستان واقع شده است.

این شهر در سال 23 هـ . ق. سیستان به دست اعراب افتاد اما مردم آن تن به فرمان ایشان ندادند و آتش شورشها و انقلابهای بسیاری در این منطقه شعله‌ور گشت. در سال 247 هـ . ق. یعقوب لیث صفاری به یاری مردم آزاده سیستان،  نخستین دولت مستقل ملی را در ایران تشکیل داد و شهر زرنگ را به پایتختی برگزید. شهر زرنگ،  بزرگترین شهر سیستان در سده 4 هـ . ق . بود و از دوران صفاریان دارالاماره‌هایی در آن برپا شده و بناهای بسیاری در این شهر به وجود آمده بود که اکنون اثری از آنها باقی نمانده است. خرابه‌های زرنگ را امروز در نزدیکی زاهدان،  کنار نهری از شاخه‌های هیرمند،  می‌توان دید.

شهر زرنگ به دلیل نزدیکی به رود هیرمند،  دارای جایگاهی ویژه و استراتژیک (به علت واقع شدن در میان راههای بزرگ بازرگانی) بود و پس از تخریب « رام شهرستان » بر اثر سیل که مرکز سیستان در دوران باستان بوده و با زرنگ فاصله کمی داشته،  به عنوان پایتخت انتخاب شد. خشک شدن دلتای رودخانه بزرگ هیرمند و حمله تیمور گورکانی در سال 785 هـ . ق.  به این شهر،  موجبات سقوط شهر را فراهم آورد (افشار سیستانی،  زرنگ پایتخت صفاریان)

شهر نیشابور پس از حمله مغول

علاوه بر شهرهای نیشابور و زرنگ،  شهرهای ری،  کرمان، سبزوار و برخی شهرهای دیگر در این دوره،  پایتختهای حکومتی،  ایالتی و یا ولایتی بوده‌اند.

شهر ری در دوران باستان پایتخت اشکانیان بود و از سلسله‌های  پس از اسلام می‌توان حکومت آل‌بویه را نام برد که در آبادانی ری تلاش فراوانی به عمل آوردند. ری پس از حملات مغول،  رو به ویرانی نهاد و پس از آن تهران کم‌کم رشد خود را آغاز نمود (کوثری،  ری پایتخت حکومتی). کرمان نیز در یک دوره کوتاه از تاریخ موقعیت پایتختی کسب کرده است. در دوران قبل از اسلام،  پایتختها در مکانهای سرسبز و پرجمعیت انتخاب می شدند. در قرون اول و دوم هجری حکومتهای مستقلی در ایران وجود نداشت اما با شروع قرن سوم حکومتهای نیمه مستقل و مستقل در ایران شکل گرفت. کرمان که پایتختی ایالتی بوده است،  از اوایل قرن چهارم هـ . ق،  پایگاه آل‌بویه و سامانیان بوده است.

پس از آن،  سلجوقیان و مظفریان کرمان را برای مدتی پایتخت خود قرار دادند (741 هـ .ق.) از آن پس کرمان به عنوان پایتخت مطرح نگردید. با توجه به کویری بودن کرمان و عدم وجود ارتفاعات در آن،  می توان نتیجه گرفت که کرمان شهری نظامی نبوده است و تنها به دلایل اقتصادی (واقع شدن در مسیر راههای اصلی) به عنوان پایتخت انتخاب شده است (باستانی پاریزی،  کرمان پایتخت ایالتی). علاوه بر شهرهای نامبرده،  سبزوار نیز برای مدتی به عنوان پایتخت ولایتی مطرح بوده است. سربداران در سال 736 هـ .ق.  قیام کردند و با از میان برداشتن مغولان،  در سال 738 هـ . ق. در سبزوار،  رأیت استقلال برافراشتند و تا سال 788 هـ .ق. در آن منطقه و ولایات مجاور آن حکومت کردند. دلایل گزینش سبزوار به امیرنشینی،  دلایلی چون واقع شدن سبزوار در مسیر جاده ابریشم،  انگیزه های دینی،  عوامل اقتصادی و اقلیمی و موقعیت سوق الجیشی و سیاسی و نظامی بوده است (آریان پور،  سبزوار پایتخت ولایتی.